Los frutos de Medjugorje son innumerables.
Los frutos más grandes en Medjugorje son la conversión y la oración. Todo peregrino vuelve con el rosario en la mano. Los corazones en Medjugorje quedan marcados por esta gracia, de ahí que los grupos de oración «Reina de la Paz» se extiendan por todo el mundo.
La adoración al Santísimo, el rezo del rosario, la confesión, la lectura de la Biblia, el ayuno y la Eucaristía son los puntos puestos en práctica, también la consagración al corazón Inmaculado de María y al Corazón de Jesús.
La parroquia de Santiago Apóstol de Medjugorje, bajo la tutela de los franciscanos, es referencia para el mundo. En ella diariamente se pone en práctica esta escuela de oración tan sencilla, pero profunda, que la Virgen renueva en Medjugorje para el mundo entero. Ella no viene a añadir nada al Magisterio de la Iglesia, pero sí a recordarnos lo que hemos ido olvidando, y nos da un impulso para vivirlo.
Medjugorje es llamado el confesionario del mundo por la gran cantidad de confesiones diarias. Los peregrinos, luego de volver a sus lugares de origen, animan a los demás a recibir este sacramento a veces olvidado.
Otro fruto admirable son las incontables conversiones de diversas religiones. La gran cantidad de vocaciones sacerdotales y a la vida religiosa, nacidas allá, son testimoniadas durante el festival de jóvenes en agosto.
Otro de los frutos son los miles de grupos de oración de Medjugorje que han surgido por el mundo entero.